El MNI está localizado en el centro de la ciudad de Guayaquil, el museo alberga una colección de más de 2.000 obras pictóricas y escultóricas de los siglos XVI, XVII y XVIII y del arte republicano del siglo XIX. La exhibición Cosmogonías introduce al visitante a la iconografía del arte colonial a través de los cuatro elementos: fuego, tierra, aire y agua. Además, existen salas de exposiciones temporales en las que se presentan propuestas emergentes, un centro documental y espacios para el desarrollo permanente de actividades educativas
La estación de la Metrovia mas cercana es la Parada El Correo sentido Sur-Norte, en la calle Pedro Carbo, frente al museo.