EN AVION:
Cuenca dispone de un aeropuerto local llamdo "Mariscal Lamar" donde las compañías aéreas TAME, LAN y AeroGal conectan diariamente con vuelos a las ciudades de Quito y Guayaquil ($100 una via, 1 hora; $150 ida y vuelta). El centro de la ciudad queda alrededor de 3Km del aeropuerto y un taxi desde o hacia el aeropuerto cuesta $3, todos los taxis deben usar taxímetro. El aeropuerto se encuentra a 500 metros del terminal de buses en la misma Avenida España, donde se puede tomar buses a las principales ciudades del país.
EN BUS:
Cuenca dispone de dos terminales de buses la terminal sur que sirve a las ciudades aledañas de Jima, Jirón y al Parque Nacional Cajas; y la terminal principal de buses que sirve a las principales ciudades del país ubicada en la Avenida España a 2km del centro de la ciudad y 500 metros del aeropuerto.
Desde Guayaquil $8, 5 horas. Existen dos rutas: la que va por el Parque Nacional Cajas es más corta que la ruta que va por Cañar y La Troncal.
Desde Quito $10, 10 horas.
Desde Ambato $8, 7 horas.
Desde Loja $7.5, 5 horas.
Desde Riobamba $7, 6 horas.
Desde Latacunga $9, 8 horas.
Desde Huaquillas (frontera con Perú)$7, 7 horas.
Desde Machala $5.5, 4 horas
Desde Zamora $10, 7 horas.
Desde Macas $8, 8 horas.
Desde Alausí $5, 4 horas.
Desde Azogues 0.75, 45 minutos.
Desde Saraguro $5, 3 horas.
Desde Sigsig $1.25, 1 hora.
HACIA PERÚ:
Hacia Piura, la asociación internacional de compañías Pullman Sucre and CIFA International disponen de dos horarios 19:30, 23:00 con servicio de bus tipo cama y el horario 21:00 de bus normal. Es necesario hacer transbordo de bus en la frontera ya sea en Huaquillas o en Machala. El costo es de $12-$15 y el viaje puede tardar hasta 14 horas dependiendo del tiempo que se demore en la frontera de ambos países. La ventaja de tomar este servicio es que dichas compañías están conectadas y esperan en los controles fronterizos a los pasajeros. De lo contrario hay que tomar un bus a Huaquillas, realizar los controles fronterizos en el lado Ecuatoriano, alquilar un transporte para cruzar al otro lado, cruzar los controles fronterizos de Perú y alquilar otro transporte hacia Tumbes donde se puede obtener transporte a otras ciudades de Perú.
Hacia Chiclayo, la compañía Super Temería sale a las 22:00 desde Cuenca hacia Chiclayo con paradas en Machala, Tumbes, Mancora y Piura. Dispone de WiFi y el valor es de $18 y puede tardar hasta 16 horas dependiendo del tiempo en los controles fronterizos.
MOVERSE DENTRO DE CUENCA:
El centro histórico de Cuenca es fácilmente transitable a pie. Para movilizarse hacia las afueras se puede tomar el bus urbano $0.25 o tomar un taxi, los cuales están obligados a usar taxímetro con la tarifa mínima de $1.5 con cargo de un dolor extra en las noches.
Para llegar al terminal Sur tomar un bus con la señal "Feria Libre" en la calle Presidente Córdova o Mariscal Lamar, $0.25.
Para llegar al terminal de buses principal o el aeropuerto tomar un bus con la señal "Terminal" en Padre Aguirre cerca del mercado de las flores.
Ademas para finales del 2016 se espera que entre en funcionamiento el tranvía que conectará los principales puntos de Cuenca.